1982年成立北京中医药大学针灸推拿系，2000年与北京针灸骨伤学院针灸系合并为北京中医药大学针灸学院。在学科快速协调发展的基础上，2009年更名为针灸推拿学院。
四十年风雨兼程，经过杨甲三、张吉等一批针灸名家和几代师生的共同奋斗，针灸推拿学院在人才培养、教学科研、学科建设、临床医疗、社会服务等方面取得了辉煌的成就。
目前针灸推拿学学科为国家重点学科和国家双一流学科；针灸推拿学专业为国家级和北京市一流专业、特色专业；针灸推拿学院实践教学中心为国家级中医学实验教学示范中心和北京高等学校实验教学示范中心；针灸学、推拿学、中医气功学为国家中医药管理局重点学科；针灸生物学实验室为国家中医药管理局三级实验室；针灸特色疗法重点研究室为国家中医药管理局重点研究室；针灸推拿教学团队为北京市针灸推拿优秀教学团队；经络腧穴学为国家双语教学示范课程。慕课《针灸学导论》获评首批国家精品在线开放课程，《运用VR技术模拟针刺临床常用重点穴位及危险穴位实验》）、《针刀治疗虚拟现实实训教学系统》）分获国家和北京市虚拟仿真实验教学项目。
现有全日制本科生1500余人，硕博研究生200余人。本科生招生有4个专业（方向）：针灸推拿学五年制、中医学卓越针推八年制、中医学卓越骨伤八年制、康复治疗学四年制。
现有教职工73人，其中专任教师52人、行政管理人员16人、教辅人员5人。专任教师中教授21人（40.4%），副教授15人（28.8%），讲师16人（30.8%），教师中具有博士学位45人（86.5%），硕士学位7人（13.5%），博士生导师12人（23.1%），硕士生导师36人（69.2%）。
拥有国务院特贴专家2名；国家杰青1名；首都国医名师3名，北京市教学名师2名，北京市科技新星3名。
学院科技资源获取能力不断增强，2019年获批科研经费突破4000万，其中刘存志教授牵头国家重点研发计划项目1项，李志刚教授负责国家自然科学基金重大研究计划课题1项。 近三年，发表SCI、EI收录论文60余篇。
学生思政工作牢记立德树人职责使命，蒲公英和杏林飘香志愿者团队品牌悠久、特色突出，修身导师开创了崭新育人模式，针道青年形成了思政教育的前沿阵地，近三年第二课堂获省部级以上奖励200余项，就业率保持在98.5%以上。
学院充分发挥针灸推拿学专业在国际交流中的优势与特色，开辟师生学术交流平台，形成了以双语教学、国际针灸技法及临床应用学术研讨会为代表的特色项目。
