我院高度重视实践教学基地建设，提高实践教学质量。现有广安门医院、护国寺中医院、东直门医院、房山中医院、怀柔中医院、枣庄医院等多所教学实践基地医院，承担学生的临床课程、见习、实习等教学任务。
其中，广安门医院是国家中医药管理局直属的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的三级甲等中医医院，是全国“示范中医医院”，世界卫生组织传统医学合作中心组成单位，国家中医药管理局批准的全国中医肿瘤医疗中心和全国中医糖尿病专病及中医肛肠病专病中心以及中医急诊基地建设单位，国家中医药管理局中医药重点学科（中医肿瘤病学、中医内分泌病学、中医肛肠病学、中医心病学、中医心理学、中医痹病学）及肿瘤扶正培本重点研究室建设单位。北京中医药大学附属护国寺中医院（北京针灸医院）是一所以中医中药治疗为医疗工作主体，全面承担医疗、教学、科研、预防、社区保健和康复任务，有着60余年深厚文化底蕴的三级甲等中医专科医院，院骨伤科“宫廷正骨”录入了国家非物质文化遗产名录。东直门医院是一所集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等中医医院，是国家中医临床研究基地建设单位，拥有教育部重点实验室、国家级中医学实验教学示范中心，是国家住院医师规范化培训示范基地、国家大学生校外实践教育基地、美国心脏协会心血管急救培训中心、世界卫生组织中医适宜技术项目培训基地、“北京中医药大学临床技能综合培训中心”建设单位，以其悠久的历史，知名的专家，一流的技术，优质的服务享誉中外。房山中医院是北京中医药大学第六临床医学院， 是国家三级甲等中医医院、全国文明单位。怀柔中医院，为中医特色突出的二级甲等中医医院。北京中医药大学枣庄医院（北京中医药大学第四临床医学院）为北京中医药大学京外第一所直属附属医院，为枣庄市唯一国家三级甲等中医医院。
我院具有稳定的临床教学基地管理体系与协调机制。加强对临床实践教学基地的管理，定期分赴各临床教学基地召开分站式临床教学工作会议，组织学校专家为各临床教学基地开展系列学术讲座，加强与临床教学基地的联系与合作，深入细致地了解临床教学基地建设情况和实习生的实习情况，提高临床教学质量。各附属医院加强教室、示教室、实训室、阅览室和相应教学仪器的建设，均出台了提高临床师资队伍水平的政策，以保证临床教学质量的持续提升。